Diresmikan beroperasi pada tahun 1994, berdasarkan SK Penegrian No. 0260/0/1994, tertanggal 5 Oktober 1994. Tanggal 5 Oktober inilah ditetapkan sebagai hari jadi SMA Negeri 9 Samarinda. Selama 31 tahun berkiprah, sekolah ini telah dipimpin oleh sepuluh kepala sekolah, yaitu:

1. Bapak Suardi,MM (1994-1996)                              

2. Ibu Dra. Hj. Siti Aminah, AB (1996-2000)                

3. Bapak Yanu Achmadi, S.Pd, MM (2000-2002)     

4. Bapak H. Aziansyah, S.Pd, MM (2002-2005)   

5. Bapak Drs. H. Rahmadi Pane (2005-2008)     

6. Bapak Mohammad Bajuri, M.Pd (2008-2011)

7. Bapak Sutrisno, M.Pd (2011-2013)

8. Bapak Muji Raharjo, S.Ag, M.Pd (2013-2014)

9. Ibu Haji Nurhayati, M.Ed (2014-2020) , dan 

10. Bapak Drs. H. Salamang Supriyadi, M.Pd (2020-2025) 

Kepemimpinan dilanjutkan oleh Bapak RUSTAN, S.Pd sebagai PLT. Kepala SMA Negeri 9 Samarinda. Diusia yang telah sampai 31 tahun ini, SMA Negeri 9 Samarinda telah banyak meraih prestasi sebagai Sekolah Sehat, Sekolah Adiwiyata, Sekolah Ramah Anak dan Sekolah Hijau. 

Dengan mengusung motto “SMALAN: Satu Langkah, Satu Jiwa, Satu SMALAN”, tahun ini sekolah juga siap ikut tantangan baru, yaitu Lomba Sekolah Digital. Semangat terus untuk maju dan berkembang!